อำเภอหนองเรือ เดิมมีฐานะเป็นตำบลหนึ่งของอำเภอเมืองขอนแก่น จ.ขอนแก่น มีการเรียกขานชื่อ ต.หนองเรือ ซึ่งเรียกชื่อตามข้อสันนิษฐานไว้เป็น ๒ ทาง คื่อ ๑.มีหนองน้ำใหญ่ลักษณะคล้ายเรืออยู่ติดกับหมู่บ้าน ๒.เป็นแหล่งน้ำที่มีคนมาทำการชักลากไม้มาขุดเจาะเป็นเรือพายมากกว่าท้องถิ่นใด ๆ มีการยกฐานะเป็นกิ่งอำเภอ เมื่อ พ.ศ. 2502 โดยรวมหมู่บ้าน ตำบลต่างๆ จากอำเภอเมืองขอนแก่นและตำบลในเขตอำเภอภูเวียง เข้าด้วยกันเป็น 7 ตำบล ต่อมาได้รับมายกฐานะเป็นอำเภอหนองเรือ เมื่อวันที่ 31 มกราคม 2506 ปัจจุบันมี 10 ตำบล 149 หมู่บ้าน